Die Behörde habe damit gezeigt, dass sie «die Richtlinienkompetenz» der politischen Aufsicht für unbedeutend halte, sagte John in München. Das Bundesamt wird, wie alle Geheimdienste, vom Kanzleramt koordiniert. Wenige Tage vor der Schredder-Aktion im November 2011 hatte Bundeskanzlerin Angela Merkel (CDU) volle Aufklärung der NSU-Verbrechen versprochen.