Größere Probleme gibt es aus Sicht des Thüringer Landesverwaltungsamts derzeit unter anderem mit dem Kreis Weimarer Land. Nach einer mündlichen Verhandlung über die Bereitstellung eines "ausreichenden Systems zur Getrenntsammlung" vor dem Verwaltungsgericht Weimar stehen das Urteil und die daraus resultierenden Folgen noch aus, wie eine Behördensprecherin sagte.
Für den Kreis steht die Entlastung der Restmülltonne durch eine eigene Biotonne in keinem Verhältnis zu den Aufwendungen, wie der Werkleiter der Kreiswerke Weimarer Land, Frank Gerhardt, betonte. So würde der CO₂-Ausstoß der drei für die Biomüllabfuhr nötigen neuen Sammelfahrzeuge die Einspareffekte einer Biotonne zunichtemachen. Durch eine fehlerhafte Entsorgung erhöhe sich zudem der Anteil von Mikroplastik im entstehenden Kompost, so Gerhardt. "Das Thema Biotonne müsste wirklich ökologisch betrachtet werden, jedoch stehen dahinter ideologische und ökonomische Gründe."
Auch im Saale-Holzland-Kreis ist dem Landesverwaltungsamt zufolge momentan eine Klage dazu anhängig. In den Landkreisen Schmalkalden-Meiningen, Saalfeld-Rudolstadt und dem Saale-Orla-Kreis seien Lösungen absehbar, im Kreis Sonneberg laufe ein Prüfverfahren.
Doch auch die Abfallentsorgung verursacht Probleme: Während mehrere Kreise über Schwierigkeiten berichten, geeignete Kompostierungs- oder Biogasanlagen zu finden, mangelt es auch bei in den Haushalten an der "Mülldisziplin". Vor allem in den Städten sei die Zahl der Fehlwürfe - also von Müll, der nicht in die Biotonne gehört - recht hoch. Zu einem echten Ärgernis hätten sich "kompostierbare Biomüllbeutel" aus Kunststoff entwickelt, hieß es übereinstimmend. Diese würden in den Kompostieranlagen nicht verrotten und sorgten auch in Biogasanlagen für Probleme. Die biologisch abbaubaren Beutel dürften auf keinen Fall im Biomüll landen.
Dem Landesamt für Umwelt, Bergbau und Naturschutz zufolge stieg die über die Biotonne entsorgte Abfallmenge in Thüringen in den vergangenen Jahren stetig an - von 68 000 Tonnen im Jahr 2015 auf rund 83 000 Tonnen im Jahr 2021. Die von der Müllabfuhr abgeholte Restmüllmenge verringerte sich in diesem Zeitraum leicht, während hausmüllähnliche Gewerbeabfälle deutlich gestiegen sind. Unter anderem wegen der gestiegenen Energiepreise mussten viele Kommunen die Abfallgebühren erhöhen.