Anna, die nachmalige Äbtissin Anna II., wurde am 28. Januar 1504 in Stolberg im Harz als älteste Tochter des Grafen Botho zu Stolberg und seiner Gemahlin Anna von Epstein-Königstein geboren. Ihr Vater genoss als Hofmeister des Erzbischofs von Magdeburg eine ausgezeichnete Reputation. Annas frühe Erziehung erfolgte im Kloster Ilmenau. Dann, im Alter von noch nicht einmal dreizehn Jahren, wurde sie, wohl auch auf Bestreben ihres einflussreichen Vaters, vom Kapitel des freien und weltlichen Reichsstifts Quedlinburg zur 28. Äbtissin gewählt.