Besonders großes Engagement zeigten Werner und Anneliese Deschauer bei der Sanierung des historischen Schlossensembles in der Innenstadt von Geisa und bei der Errichtung der Anneliese-Deschauer-Galerie, die mittlerweile durch den gegründeten Förderverein zu einem Zentrum für Kunst, Kultur und Wissenschaft geworden ist.
Am 17. Oktober 2003 bekam Werner Deschauer für seine Verdienste die Ehrenbürgerschaft der Stadt Geisa verliehen. Ebenso ist eine Straße in der Innenstadt nach ihm benannt. 2006 erhielt Deschauer das Bundesverdienstkreuz am Bande. Er war Familiär des Zisterzienserordens, Ehrensenator der Phil.-Theol. Hochschule Benedikt XVI. Heiligenkreuz bei Wien, Ritter des Ordens des Heiligen Papstes Silvester.
„Werner Deschauer hat in seinem Leben tiefe Spuren in unserer Stadt Geisa, im gesamten Geisaer Land und in der Thüringer Rhön hinterlassen“, so Manuela Henkel. „Diese Spuren werden auch noch von den zukünftigen Generationen wahrgenommen, die sich wie wir in Dankbarkeit an einen Mann erinnern werden, dem die Heimat und die Menschen so sehr am Herzen lagen. In dieser Erinnerung wird Werner Deschauer weiterleben.“